DNA配列のグラフ表示と配列間距離の評価

カテゴリ: 部門大会

論文No: MC7-2

グループ名: 【C】平成24年電気学会電子・情報・システム部門大会講演論文集

発行日: 2012/09/05

タイトル(英語): Graphical representation of DNA sequences and the estimation of their distance

著者名: 山口 恭平(弘前大学),水田 智史(弘前大学)

著者名(英語): Kyohei Yamaguchi(Hirosaki University),Satoshi Mizuta(Hirosaki University)

キーワード: 塩基|3次元|base|3-dimension

要約(日本語): 異なる生物種間の進化的な関係を調べる方法の一つとして、ゲノム配列間の類似度の解析がある。遺伝子の塩基配列や、タンパク質のアミノ酸配列などの比較的短い配列間の類似度の評価にはアライメントが広く用いられている。しかし、配列の長さをnするとアライメントの時間計算量はnの2乗のオーダーとなるため、ゲノム配列のように膨大な長さの配列を比較する場合においては単純なアライメントは現実的な方法とは言えない。本研究ではアライメントを使用せずにゲノム配列を数値化し、それをグラフ表示することで配列間の類似性を直観的に視認することを可能とする方法について検討するとともに、それを基に配列間の類似性を定量的に評価する方法についても検討する。

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