ファジー集合に基づく語の出現頻度分布の計測と配列間距離の評価

カテゴリ: 部門大会

論文No: MC7-3

グループ名: 【C】平成24年電気学会電子・情報・システム部門大会講演論文集

発行日: 2012/09/05

タイトル(英語): Measurement of the word frequency based on fuzzy set and the estimation of the distance between sequences

著者名: 志田 文哉(弘前大学),水田 智史(弘前大学)

著者名(英語): Fumiya Shida(Hirosaki University),Satoshi Mizuta(Hirosaki University)

キーワード: メンバシップ関数|順位相関|membership function|rank correlation

要約(日本語): 近年、データベースに登録されている生物学的配列の量は急速に増加しつつあり、高速かつ大規模配列にも対応した配列比較の手法に対する必要性が増してきている。一般に配列比較にはアライメントが用いられるが、配列長をnとするとアライメントの時間計算量はnの2乗のオーダーとなるため、それを軽減するための様々な改良が加えられる一方、アライメントによらない配列比較の手法も盛んに研究されるようになった。その代表的なものとして、配列中の語の出現頻度分布を比較することにより配列間の距離を評価する方法がある。ここで「語」とは、4種の塩基（A、T、G、C）からなる一定の長さの配列である。本研究では、ファジー集合に基づいた語の計測方法と、語の出現頻度分布における順位相関を用いた配列間距離の評価について検討する。

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