多目的遺伝的アルゴリズムのＲＮＡ配列マルチプルアライメントへの応用

カテゴリ: 部門大会

論文No: MC7-5

グループ名: 【C】平成24年電気学会電子・情報・システム部門大会講演論文集

発行日: 2012/09/05

タイトル(英語): Multi-objective Genetic Algorithm for Multiple RNA Sequence Alignment

著者名: 山形 真夏(弘前大学),種田晃人 (弘前大学)

著者名(英語): Manatsu Yamagata(Hirosaki University),Akito Taneda(Hirosaki University)

キーワード: 多目的遺伝的アルゴリズム|組み合わせ最適化問題|RNA二次構造RNA二次構造|multi-objective genetic algorithm|combinatorial optimization problem|RNA secondary structure

要約(日本語): 配列マルチプルアライメントは組み合わせ最適化問題の一つである。蛋白質やDNA配列のアライメントでは配列の類似性に着目して文字列の整列を行うが、RNA配列のマルチプルアライメントは、配列の類似性だけでなくRNA配列に特有の二次構造についても考慮する必要があることから、より困難な組み合わせ最適化問題となる。RNA配列アライメントでは、2つの目的関数（配列類似度スコアと二次構造スコア）を考慮して最適化を行う必要があるが、これら2つの目的関数の間にはトレードオフが存在するために何らかの重み付けをして単一の最適解を得る、またはパレート最適解を求めるというアプローチが有効である。本発表では、2つの目的関数（配列類似度スコアと二次構造スコア）を利用したRNA配列アライメントのための多目的遺伝的アルゴリズムのマルチプル配列アライメントへの応用について概説し、最近の進展について発表する。

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