二次構造を考慮したＲＮＡ配列クラスタリング

カテゴリ: 部門大会

論文No: MC7-6

グループ名: 【C】平成24年電気学会電子・情報・システム部門大会講演論文集

発行日: 2012/09/05

タイトル(英語): RNA Sequence Clustering Based on RNA Secondary Structure

著者名: 對馬 史浩(弘前大学),種田晃人 (弘前大学)

著者名(英語): Hitohiro Tsushima(Hirosaki University),Akito Taneda(Hirosaki University)

キーワード: 階層的クラスタリング|ペアワイズ配列アライメント|ROC曲線|曲線下面積|hierarchical clustering|pairwise sequence alignment|ROC curve|area under the curve

要約(日本語): 近年、ゲノム配列に対する網羅的なRNA遺伝子予測手法の発達や、次世代シーケンサーの出現によりRNA配列データを解析する機会が増えてきた。RNA配列はAとU、CとGの間で塩基対を組むことで二次構造と呼ばれる構造を形成する。同様な機能を持つRNA配列は、配列が類似していなくとも類似した二次構造を持つことが知られており、二次構造に基づいてRNA配列を分類することが可能である。RNA遺伝子予測により予測された非翻訳RNA候補配列や、次世代シーケンサーにより出力される配列データには、配列類似度だけでは解析が困難なものが多数含まれることが知られており、二次構造に基づくRNA配列分類手法の開発がRNA配列データの解析のために重要である。本発表では、二次構造を考慮したペアワイズRNA配列アライメントに基づきRNA配列を分類する手法とその生体配列データへの応用について発表する。

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