生体分子周辺のカウンターイオンを考慮した分子シミュレーション

カテゴリ: 部門大会

論文No: MC7-7

グループ名: 【C】平成24年電気学会電子・情報・システム部門大会講演論文集

発行日: 2012/09/05

タイトル(英語): Molecular dynamics simulations for biomolecules with counter ions

著者名: 佐藤永康 (弘前大学),斎藤 稔(弘前大学)

著者名(英語): Noriyasu Sato(Hirosaki University),Minoru Saito(Hirosaki University)

キーワード: 分子動力学シミュレーション|蛋白質|カウンターイオンカウンターイオン|molecular dynamics simulation|protein|counter ion

要約(日本語): 核酸（DNA,RNA）や蛋白質に代表される生体高分子は、部分的に正負の電荷に帯電している。この電気的な偏りが、生体高分子の機能と密接に関係している。生体高分子は、生理的な環境下では、水溶液中に存在している。水溶液中には、正や負の電荷を持つイオンが溶けており、生体高分子の電場の偏りを遮蔽するように集まると考えられている。生体高分子の分子動力学シミュレーションは、水中の環境で行われるようになってきた。更に、リアルなシミュレーションを行うためには、水溶液中のイオンの挙動も含めてシミュレーションする必要が出てきた。発表では、カウンターイオンを考慮する方法と具体的な応用について述べる。

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