ハイブリッド並列プログラミングによるPPPC法の高速化

カテゴリ: 部門大会

論文No: MC7-8

グループ名: 【C】平成24年電気学会電子・情報・システム部門大会講演論文集

発行日: 2012/09/05

タイトル(英語): Acceleration of the PPPC method by the hybrid parallel programing

著者名: 奈良 亮平(弘前大学),斎藤 稔(弘前大学)

著者名(英語): Ryohei Nara(Hirosaki University),Minoru Saito(Hirosaki University)

キーワード: ＰＰＰＣ法|ハイブリッド並列化|PPPC method|hybrid parallel programing

要約(日本語): 水溶液中の核酸（DNA,RNA）や蛋白質のような生体高分子のリアルな分子動力学シミュレーションを行うためには、生体高分子が持つ複雑な電荷分布と多数の水分子が持つ電気双極子による静電相互作用を正確に計算しなければならない。しかも、シミュレーションのステップ毎に高速に計算しなければならない。斎藤が開発したPPPC法は、膨大なクーロン相互作用を高速に高精度に計算する方法である。PPPC法を、ハイブリッド並列プログラミングによって高速化して、最新のスーパーコンピュータに実装した。

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