次世代シーケンサ用のマッピングソフトウェアのGPGPUプログラミング

カテゴリ: 研究会(論文単位)

論文No: OQD15036

グループ名: 【C】電子・情報・システム部門 光・量子デバイス研究会

発行日: 2015/04/24

タイトル(英語): GPGPU programing of mapping software for data from next generation sequencer

著者名: 太田 祥貴(工学院大学),福岡 豊(工学院大学)

著者名(英語): Yoshitaka Ota(Kogakuin University),Yutaka Fukuoka(Kogakuin University)

キーワード: ＧＰＧＰＵ|次世代シーケンサ|GPGPU|next generation sequencer

要約(日本語): 次世代シーケンサで取得したデータをCPUのみでマッピングすると時間がかかる。これは、マッピングの繰り返し処理の回数、処理する塩基の数が原因である。GPGPUで繰り返し処理や複数の塩基を並列にマッピングすることにより、高速化が可能だと考えられる。本研究では、マッピングソフトウェアBWAの一部をGPGPUでプログラミングした。その結果、CPUのみを用いるよりも速くなることが確認できた。

要約(英語): Mapping of data from next generation sequencer (NGS) takes an immense amount of time. It is expected that the data processing time is markedly reduced by GPGPU programming. In this study, a part of BWA, mapping software for NGS, was modified for GPU. The modified BWA was faster than the original BWA, which was executed using only CPU.

原稿種別: 日本語

PDFファイルサイズ: 953 Kバイト