NWアルゴリズム拡張による配列アラインメントの高速化についての検討

カテゴリ: 論文誌(論文単位)

グループ名: 【D】産業応用部門

発行日: 2016/10/01

タイトル(英語): Accelerating Techniques for Sequence Alignment based on an Extended NW Algorithm

著者名: 尾風　仁（沖縄工業高等専門学校），山田　親稔（沖縄工業高等専門学校），宮城　桂（沖縄工業高等専門学校），市川　周一（豊橋技術科学大学）

著者名(英語): Jin Okaze (National Institute of Technology, Okinawa College), Chikatoshi Yamada (National Institute of Technology, Okinawa College), Kei Miyagi (National Institute of Technology, Okinawa College), Shuichi Ichikawa (Toyohashi University of Technology)

キーワード: 配列アラインメント，Needleman-Wunschアルゴリズム　　sequence alignment，Needleman-Wunsch algorithm

要約(英語): The NW (Needleman-Wunsch) algorithm is a method of sequence alignment in bioinformatics. The NW algorithm can be applied for global sequence alignment, which is a way of arranging the sequences of DNA to identify regions of similarity. However, the NW algorithm requires a huge number of calculations compared with the SW (Smith-Waterman) algorithm. Many studies have focused on analyzing the output of multiple sequences quickly in three dimensions. However, such methods cannot obtain similarities for whole sequences. In this article, we extend the NW algorithm to three dimensions. The proposed method is expected to provide a fast analysis of high precision data sequences.

本誌: 電気学会論文誌D（産業応用部門誌） Vol.136 No.10 （2016） 特集：Okinawa型ロボット組み込み/サスティナブルシステム

本誌掲載ページ: 686-691 p

原稿種別: 論文／日本語

電子版へのリンク: https://www.jstage.jst.go.jp/article/ieejias/136/10/136_686/_article/-char/ja/